华东理工大学上海市新药设计重点实验室推出国内首个基于分子三维相似性的药物设计图形用户界面系统。  这一名为eSHAFTS的软件包由华东理工大学药学院李洪林课题组和信息

 华东理工大学上海市新药设计重点实验室推出国内首个基于分子三维相似性的药物设计图形用户界面系统。

  这一名为eSHAFTS的软件包由华东理工大学药学院李洪林课题组和信息学院何高奇课题组历经两年合作开发而成,涵盖了靶标发现及识别、先导化合物发现及优化等功能,可满足目前国内外药物发现的计算和研究需要,便于药物设计专业及化学、生物学等非药物设计专业科研人员使用。

  “这种基于分子三维相似性的药物设计方法,不依赖于靶标蛋白质的三维结构,便可完成药物发现过程中的虚拟筛选和骨架跃迁等功能,进而指导后面的化学结构修饰及改造。”李洪林教授介绍说,该软件自发布以来,其精确的计算结果和优越的计算性能得到用户的积极反馈。

 

图为eSHAFTS启动及操作界面。

  药物设计技术作为一种实用化的工具,已经介入到药物研究的各个环节,并成为创新药物研究的核心技术之一。但由于我国药物设计软件的集成和开发发展都相对较晚,国内科研工作者多依赖国外公司的专业软件。

  在国家“863”计划资助下成功开发的eSHAFTS软件,是国内首个三维相似性评价软件。这种交互式图形系统基于C/S模式,设计了高效的通信中间件和用户工作流,可同时支持客户端的交互计算以及服务器端的服务和计算,同国际上现有的商业化软件相比,如基于形状的三维分子相似性筛选程序ROCS、Schrödinger公司的ShapeScreening模块等相比,具有界面友好、易于操作、计算精确度高等优点。该软件下载地址http://lilab.ecust.edu.cn/home/resource.html

  上海市新药设计重点实验室依托华东理工大学药学院,以药学学科为基础,以信息为导向,结合华理相关研究方向,开展创新药物基础及应用方面研究,2011年11月经上海市科委批准建设,2013年10月通过验收,现届学术委员会主任为沈寅初院士,李洪林教授为现任实验室主任。

(责任编辑:iws)